發(fā)明專利又獲授權(quán) | 基于MeRIP測序技術(shù)的腫瘤治療靶點(diǎn)檢測方法和系統(tǒng)
2023-01-31 閱讀數(shù)：3710
近日，廣州華銀康醫(yī)療集團(tuán)股份有限公司“一種基于MeRIP測序技術(shù)檢測腫瘤治療靶點(diǎn)的方法和系統(tǒng)”獲專利授權(quán)，標(biāo)志著華銀康在腫瘤靶向治療靶點(diǎn)檢測方法中利用N6-甲基化轉(zhuǎn)換酶（N6-methyladenosine）免疫共沉淀高通量測序分析研發(fā)上又有重大突破，為了提高靶向治療靶點(diǎn)檢測的精度，將需要甄別和篩選的靶點(diǎn)基因數(shù)量降低至數(shù)十個(gè)，顯著提高潛在靶基因的篩選速度。精準(zhǔn)醫(yī)療主要的技術(shù)推動(dòng)因素是測序技術(shù)的發(fā)展、生物醫(yī)學(xué)分析技術(shù)的突破和大數(shù)據(jù)技術(shù)的進(jìn)步，而這一專利從測序分析技術(shù)層面上助力華銀康精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心的檢驗(yàn)水平向更高的平臺邁進(jìn)，為靶向治療研究提供參考。
腫瘤是原癌基因和抑癌基因等在基因組學(xué)和表觀遺傳學(xué)上發(fā)生改變和逐步累積基因突變引起的疾病，傳統(tǒng)的治療手段為手術(shù)、化療和放療，近年來，精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)不斷發(fā)展深化，靶向治療技術(shù)也逐步得到推廣和應(yīng)用。
靶向治療指的是先對腫瘤癌細(xì)胞進(jìn)行基因?qū)用娴恼鐒e，找出和正常細(xì)胞不同的差異或者變異點(diǎn)，也就是靶點(diǎn)。藥物進(jìn)入體內(nèi)后，會(huì)尋找并與該靶點(diǎn)相結(jié)合，即特異地選擇分子水平上的致癌位點(diǎn)，并與之相結(jié)合來發(fā)生作用，從而使腫瘤細(xì)胞特異性死亡，而不會(huì)波及腫瘤周圍的正常組織細(xì)胞。進(jìn)行靶向藥治療的腫瘤患者，必須要進(jìn)行腫瘤基因檢測，以找到治療靶點(diǎn)。
目前腫瘤靶向治療的技術(shù)，主要依靠全基因組測序（whole-genome sequencing，簡稱WGS）、全外顯子測序（whole?exome sequencing，簡稱WES)、靶向測序（targeted sequencing或panel sequencing）的技術(shù)，檢測出DNA水平基因序列的變異，從而鎖定基因，對該基因進(jìn)行針對性的治療。然而，通過現(xiàn)有技術(shù)得到的基因數(shù)量以及變異位點(diǎn)比較多，以腦膠質(zhì)瘤為例，根據(jù)從TCGA數(shù)據(jù)庫下載的包括muse、somaticsniper、varscan、mutect在內(nèi)的多個(gè)分析方法的各90個(gè)腦膠質(zhì)瘤樣品全外顯子測序的結(jié)果，與臨床相關(guān)的基因數(shù)量分別為9361、8679、9391、9794個(gè)，其變異位點(diǎn)數(shù)分別位20934、18123、21105、22758個(gè)。也可根據(jù)腫瘤類型和患者人種篩查概率最高的基因，例如非小細(xì)胞肺癌患者通常檢測EGFR和ALK基因，但是此種方法存在較大的漏篩風(fēng)險(xiǎn)，不能保證找到所有靶點(diǎn)供醫(yī)生選擇，且一旦開始的檢測未發(fā)現(xiàn)問題，仍然需要做全基因檢測，成本更高且浪費(fèi)時(shí)間。
在MeRIP-seq數(shù)據(jù)分析過程中，對應(yīng)的腫瘤樣品的結(jié)合峰與對照樣品的結(jié)合峰進(jìn)行比較，篩選出所對應(yīng)的結(jié)合峰具有顯著差異的基因的數(shù)量往往在一千個(gè)以上，潛在靶基因的甄別和篩選上有比較大的難度。因此，如何更進(jìn)一步有效快速的檢測出腫瘤靶向治療的靶點(diǎn)，從技術(shù)層面上提高潛在靶點(diǎn)的篩選速度成為目前亟需解決的問題。
為了更全面有效的檢測出腫瘤靶向治療的靶點(diǎn)，本發(fā)明使用MeRIP測序技術(shù)測定mRNA和lncRNA上的m6A甲基化位點(diǎn)，通過數(shù)據(jù)處理篩選出相應(yīng)的基因，基于數(shù)據(jù)庫的靶標(biāo)信息及臨床腫瘤相關(guān)基因數(shù)據(jù)進(jìn)一步篩查，通過motif識別給出腫瘤治療靶點(diǎn)檢測結(jié)果（圖1）。在篩選過程中，結(jié)合相關(guān)性分析、靶標(biāo)分析及變異數(shù)據(jù)庫的綜合決策后，可將候選的靶點(diǎn)基因數(shù)量篩選范圍縮小到數(shù)十個(gè)基因以內(nèi)，并結(jié)合臨床腫瘤數(shù)據(jù)庫進(jìn)行驗(yàn)證（圖2），進(jìn)一步增強(qiáng)了結(jié)果的準(zhǔn)確性以及全面性。
通過綜合決策篩選出候選基因以及對應(yīng)結(jié)合峰的mRNA區(qū)域的motif的識別，得到基因與結(jié)合蛋白的結(jié)合序列，將所得結(jié)合序列作為腫瘤靶向治療靶點(diǎn)檢測結(jié)果。醫(yī)生可以將該檢測結(jié)果結(jié)合病理臨床檢查結(jié)果，作為腫瘤靶向治療給藥的重要參考，在病理的基礎(chǔ)上加上分子診斷的結(jié)果，從而進(jìn)一步深化我們整合式病理的推廣。與此同時(shí)，該技術(shù)進(jìn)一步提高潛在靶點(diǎn)篩選范圍的全面性以及準(zhǔn)確性，為幫助醫(yī)生更全面地進(jìn)行患者治療方案制定和規(guī)劃，包括靶向藥物匹配、免疫療效預(yù)測、分子分型和預(yù)后分析、臨床試驗(yàn)對接、耐藥應(yīng)對等方面提供重要的參考。
圖1 技術(shù)方案實(shí)施流程圖
圖2 腫瘤靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫
華銀康精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心
華銀康精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心在全國多個(gè)地區(qū)均設(shè)有可獨(dú)立運(yùn)營的分子實(shí)驗(yàn)室，服務(wù)范圍輻射全國，提供“快、準(zhǔn)、好”的檢測服務(wù)。實(shí)時(shí)評估不同層面的分子狀態(tài)，為實(shí)體腫瘤早期篩查、精準(zhǔn)診斷以及臨床的全病程管理提供超過300項(xiàng)特色檢測服務(wù)，可充分滿足客戶多樣化的檢測需求。未來，精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中心將繼續(xù)秉承專業(yè)的檢測服務(wù)態(tài)度，結(jié)合集團(tuán)雄厚的病理?？茖?shí)力，為實(shí)體腫瘤等重大疾病提供“防、篩、診、治、監(jiān)”全流程管理的循證醫(yī)學(xué)證據(jù)，為疾病相關(guān)分子機(jī)制研究提供多組學(xué)分子檢測服務(wù)，為推動(dòng)我國腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療的發(fā)展貢獻(xiàn)力量。
高通量測序檢測中心
中心定位于科研服務(wù)與臨床醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)化應(yīng)用，圍繞基礎(chǔ)科研和臨床檢測兩大板塊，致力于生物醫(yī)學(xué)各領(lǐng)域的相關(guān)研究與測序大數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，為各大高校、醫(yī)院和科研單位提供醫(yī)學(xué)科研項(xiàng)目的方案設(shè)計(jì)、測序?qū)嶒?yàn)和數(shù)據(jù)分析為一體的一站式服務(wù)以及快速精準(zhǔn)的臨床檢測服務(wù)，以成為業(yè)內(nèi)領(lǐng)先的高通量測序服務(wù)中心為目標(biāo)。
目前，我司高通量測序檢測中心擁有Illumina和MGI等高通量測序儀組成的大規(guī)模高通量測序服務(wù)平臺，科研服務(wù)可提供涵蓋基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)（外泌體）、表觀組學(xué)、單細(xì)胞組學(xué)、微生物組學(xué)、免疫組庫、代謝組學(xué)、蛋白組學(xué)和多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析等組學(xué)基礎(chǔ)研究服務(wù)和高級生物信息分析；臨床服務(wù)包括遺傳性腎病基因檢測、血液腫瘤基因檢測、實(shí)體瘤基因檢測、感染性疾病病原體檢測等服務(wù)。
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